Chùa Yên Phú tọa lạc tại xã Liên Ninh, huyện Thanh Trì, cách trung tâm TP. Hà Nội 18km về phía Nam, ngay sát Quốc lộ 1A. Ngoài giá trị lịch sử khoảng 2000 năm tuổi, đây còn là ngôi chùa đặc biệt, bởi người đầu tiên trụ trì chùa lại là một ni sư, ni sư Phương Dung. Chính bà cũng là một trong những nữ tướng đã chiêu mộ, tập hợp hàng ngàn binh lính quanh vùng tham gia cuộc khởi nghĩa Hai Bà Trưng, góp sức đánh tan quân tướng Thái thú Tô Định (Nam Hán).
Chùa Yên Phú xưa có tên gọi là Thánh Vân Cổ tự, sau đổi thành Khánh Hưng tự. Tuy nhiên, người dân nơi đây vẫn quen gọi theo tên làng là chùa Yên Phú. Theo một số tài liệu ghi chép, trong chùa có 23 bản sắc phong qua các đời vua và cuốn Thần phả do Đông các Đại học sĩ Hàn lâm Lễ viện soạn thảo niên hiệu Hồng Phúc năm thứ nhất (năm 1572).
Năm 40 đầu Công Nguyên, tức cuối thời Vua Hùng Vương thứ 18, cô gái trẻ Phương Dung (phủ Nghĩa Hưng, đạo Sơn Nam) trong một lần cùng ba mẹ mình tới châu Thường Tín – Thăng Long (nay là Thanh Trì – Hà Nội), khi qua đầu làng thấy ngôi chùa Yên Phú cảnh đẹp phong quang, duyên lành bay toả, cô đã quyết định ở lại chùa hương khói phụng thờ, sớm tối tụng kinh niệm Phật và đặt tên chùa là Thanh Vân cổ tự. Điều này cho thấy, ngôi chùa Yên Phú đã được xây dựng từ trước đó và thuộc loại chùa cổ nhất trong lịch sử Phật giáo Việt Nam với niên đại khoảng 2.000 năm. Và bà Phương Dung chính là vị sư tổ của chùa Yên Phú.
Theo nguồn sử liệu và dấu tích còn lại tại địa phương, cũng trong thời gian ấy, vua Hán sai Thái thú Tô Định thường đến quấy nhiễu, xâm lấn bờ cõi nước ta. Hai chị em Trưng Trắc, Trưng Nhị dù là nữ nhưng đã đứng dậy phất cờ khởi nghĩa, truyền hịch tứ phương, kêu gọi mọi người đứng lên một lòng đánh giặc. Năm 41 đầu Công nguyên, bà Phương Dung cùng hai người con nuôi là Trung Vũ và Đài Liệu đã chiêu mộ hàng ngàn binh lính lên đường, nguyện đứng dưới cờ nghĩa của Hai Bà Trưng giết giặc trả nợ nước.
Sau khi giặc tan, Bà Trưng lên ngôi, bà được phong làm Công chúa. Đồng thời, nhà vua cũng cho nhân dân sửa sang chùa để sau này thờ phụng bà Phương Dung.
Khi họ qua đời, để ghi nhớ công đánh đuổi giặc ngoại xâm, nhân dân Yên Phú tôn bà làm Thành hoàng làng cùng với 2 người con nuôi. Do là sư tổ của chùa, công chúa Phương Dung còn được thờ ngay tại chùa Yên Phú và được dựng điện, tôn thờ làm Mẫu. Dân làng cũng xây dựng một khu lăng mộ cho bà ở cách vị trí chùa hiện tại 300m. Sau này, cả hai người con nuôi của bà cũng được thờ tại chùa Yên Phú. Cùng với thời gian, các triều vua phong kiến Việt Nam cũng đã ghi nhận công đức này qua 23 bản sắc phong, bản cổ nhất thuộc niên hiệu Phúc Thái năm thứ 5 (1647) và gần đây nhất là thuộc niên hiệu Khải Định năm thứ 9 (1924).
Cùng với giá trị thời gian, điều đặc biệt của chùa Yên Phú là do ni sư Phương Dung trụ trì. Điều đó chứng tỏ, phụ nữ Việt đã xuất gia ngay khi Phật giáo du nhập vào Việt Nam (những năm đầu Công nguyên). Không những vậy, việc dân làng Yên Phú tôn thờ bà Phương Dung, cùng hai người con nuôi của bà là Trung Vũ và Đài Liệu làm Thành hoàng ngay tại chùa đã cho thấy sự dung hội giữa Phật giáo và tín ngưỡng thờ Thành hoàng (thờ tại đình làng), một điểm đặc sắc riêng của ngôi chùa Yên Phú mà chúng ta khó có thể thấy ở những nơi khác.
Điều này càng được thể hiện rõ khi hội chùa Yên Phú cũng chính là hội làng hàng năm (vào mùng 5,6,7/11 âm lịch). Bên cạnh những giá trị lịch sử, tư tưởng, chùa Yên Phú còn là địa chỉ đã góp nhiều công lao lớn cho sự nghiệp đấu tranh, bảo vệ Tổ quốc.