Chùa Ba La Mật toạ lạc tại xã Phú Thượng, huyện Phú Vang, tỉnh Thừa Thiên Huế xuôi từ phía cầu Đập Đá về đến cầu Chợ Dinh. Được xây dựng từ năm 1886, và trùng tu năm 1934, nên nhìn chung kiến trúc chùa vẫn giữ được nét độc đáo. Chùa Ba La Mật khởi dựng năm 1886, do bà Công Tôn Nữ Thị Tư, hiệu Thanh Trất Từ Thiện phu nhân, tạo nơi tu hành cho chồng, ông Bố chánh Nguyễn Khoa Luận, bán thế xuất gia, pháp danh Thanh Chân, Pháp hiệu Viên Giác Đại sư.
Tương truyền rằng, Ông Nguyễn Khoa Luận, tự Đàm Trai, thuộc đời con thứ chín họ Nguyễn Khoa, cháu nội của Nguyễn Khoa Minh, con thứ năm của Nguyễn Khoa Học. Năm 1861, ông đỗ cử nhân khoa Tân Dậu, lần lượt được bổ làm quan ở nhiều địa phương. Bấy giờ, Pháp đánh chiếm Nam Kỳ và chuyển sang đánh Bắc Kỳ, thấy được tình hình, ông dâng sớ đề nghị cử người đi ngoại quốc để học pháo binh, mua súng và cải cách quân đội nhằm mục đích khôi phục và giữ gìn cơ đồ, nhưng triều đình không nghe theo ý ông, lại bị nhóm chủ hòa châm biến, vu khống.
Năm 1882, ông làm Bố chánh Quảng Ngãi, bắt đầu đi lại với Sư chùa Thiền Ân, tìm hiểu về giáo lý nhà phật. Năm 1884, đổi ra Bố Chánh Thanh Hóa, khi nghe tin vua Hàm Nghi xuất bôn và phát hịch Cần Vương, ông cũng hưởng ứng, sửa soạn thành trì, đạn dược. Nhưng việc không thành, ông xin treo ấn từ quan, lên chùa trên núi nằm dưỡng bệnh. Pháp nghi ngờ theo dõi, ông bực mình theo đường núi vào dẫn đến Quảng Ngãi, ở chùa Thiên Ân, ít lâu trở về Huế, cũng ẩn tích trong các chùa, rồi cắt tóc quy y với hòa thượng Hải Thiệu chùa Từ Hiếu. Phu nhân là Thanh Trất Từ Thiện thấy ông lênh đênh nay chùa này mai chùa nọ, bèn bỏ tiền riêng và quyên góp bà con, dựng ngôi chùa Ba La Mật để sư tu hành.
Năm 1891, ông thọ tỳ kheo giới tại đại giới đàn Báo Quốc do hòa thượng Hải Thiệu làm đường đầu, qua năm 1894 thì thọ Bồ Tát giới, pháp danh Thanh Chân, pháp danh Viên Giác. Năm 1900, đại sư lâm bệnh, yếu dần, truyền y bát cho đệ tử Viên Thành, rồi thị tịch ngày 27 tháng sáu (23.07.1900). Đại sư Thuộc đời 41 dòng Lâm Tế chính tông. Sư Viên Thành kế thế trụ trì chùa Ba La Mật. Đến năm 1923, sư Viên Thành lập riêng chùa Tra Am, giao lại cho đệ tử là Trí Hiển về trụ trì. Đến năm 1928, sư Viên Thành viên tịch, Trí Hiển phải lên Tra Am làm giám tự, rồi cũng viên tịch (1840), đại đức Trí Thủ kế thế trụ trì Ba La Mật.
Cho đến ngày nay, ngôi chùa được nhiều người dân xứ Huế thường xuyên đến hương khói, khấn phật. Nhìn chung, những nét kiến trúc độc đáo của chùa Ba La Mật vẫn còn được giữ lại, khuôn viên chùa rộng khoảng 2.500m2, có la thành bao quanh. Chùa Ba La Mật được trồng nhiều cây xanh với những không gian thoáng mát, luôn mang đến cho du khách một cảm giác thoải mái, thư thái hơn. Tuy không nổi tiếng như những ngôi Cổ tự ở Cố Đô Huế, nhưng khi đến đây luôn có sự yên bình, khiến tâm hồn ta nhẹ nhõm, tĩnh tâm như lạc vào cõi niết bàn của chốn Phật.