Chùa Thiên Ấn nằm ở tả ngạn sông Trà Khúc, cách TP Quảng Ngãi 3,5km về hướng đông, thuộc thị trấn Sơn Tịnh, thường được người xưa xem là “đệ nhất thắng cảnh” của tỉnh Quảng Ngãi.
Chùa Thiên Ấn được khởi công xây dựng vào năm 1694 và hoàn thành vào cuối năm 1695 (năm Chính Hòa thứ 15, đời chúa Nguyễn Phúc Chu ở Đàng Trong). Tổ khai sinh chùa là thiền sư Pháp Hóa (1670 – 1754), tục danh Lê Diệt, hiệu Minh Hải Phật Bảo, gốc người tỉnh Phúc Kiến, Trung Hoa, thuộc dòng thiền Lâm Tế.
Lúc đầu chùa chỉ là một thảo am tĩnh mịch, sau đó được dần trùng tu mở rộng thu hút được nhiều Tăng Ni Phật tử và trở nên nổi tiếng.
Năm Vĩnh Thịnh thứ 11 (1717, đời vua Lê Dụ Tông), chúa Nguyễn Phúc Chu đã ban cho nhà chùa biển ngạch Sắc Tứ Thiên Ấn Tự. Tấm biển này sau đó bị hư hại và được thiền sư Hoàng Phúc tái tạo vào năm 1946. Từ khi khai lập đến nay, chùa đã có 15 đời sư trụ trì, trong đó có 6 vị được suy tôn là sư tổ, gọi chung là lục tổ.
Chùa cũng đã trải qua 5 lần trùng tu, vào các năm 1717, 1827, 1910, 1918, 1959. So với các ngôi chùa cổ trong Nam ngoài Bắc, kể cả chùa Ông Thu Xà, chùa Thiên Ấn không nổi bật lắm về kiến trúc nội thất, trừ nhà phương trượng được xây dựng theo kiến trúc nhà rường, vốn là bộ khung mua lại của đình làng Phú Nhơn. Bù lại, chùa được xây dựng ở một vị trí có một không hai, đó là đỉnh đồi Thiên Ấn – một thế đất thiêng trong tâm tưởng của người dân Quảng Ngãi.
Không những đông đảo Tăng ni Phật tử tôn xưng ngôi tổ đình, mà đối với người dân, ngôi chùa này có một sự gắn bó bền chặt trong tâm linh, tình cảm, thể hiện qua các giai thoại như giếng Phật, chuông Thần và nhiều câu ca dao sâu nặng nghĩa tình được truyền miệng từ đời này qua đời khác.
Thiên Ấn khai sơn từ năm 1717 đến nay, trải qua 300 năm chùa đã có 15 đời sư trù trì, trong đó có 6 vị được tôn làm sư tổ gọi chung là lục tổ. Tính đến nay chùa đã trải qua 5 lần trùng tu vào năm 1717, 1827, 1910, 1918 và cuối cùng là 1959.
Tại chùa Thiên Ấn có khu viên mộ, nơi an táng của các vị tổ sư và các đời trụ trì, nằm tiếp phía đông Chùa Thiên Ấn, với những ngôi bửu tháp được xây dựng nhiều tầng theo số lẻ (3,5,7,9) và tượng hình hoa sen. Chính những khu viên mộ này là nơi gìn giữ bảo thân của 6 vị thiền sư nổi tiếng đã có công mở rộng, gìn giữ ngôi chùa cũng như mang giáo lý Đạo Phật đến với đông đảo tín đồ trong tỉnh.
Nếu so với 1 số ngôi chùa cổ trong nam ngoài bắc thì chùa Thiên Ấn không có gì quá nổi bật. Không gian chùa trú trọng sự yên tĩnh và thanh tịnh. Nhưng ngôi chùa lại được xây dựng ở vị trí có 1- 0- 2 trên đỉnh đồi Thiên Ấn, một địa danh linh thiêng đối với người dân Quảng Ngãi.
Con đường đi lên chùa khá gập ghềnh, vì được xây dựng trên đỉnh đồi. Tuy nhiên chùa Thiên Ấn cũng có sự tích của mình. Người ta kể rằng trước kia đỉnh núi thiên ấn là 1 đỉnh núi hoang sơ không có bất kỳ người dân nào sinh sống ở đó. Sau này khi rồng hạ phạm đã rơi trên đỉnh núi Thiên Ấn và tạo thành những phần đất lỡ. Sau này người dân mới bắt đầu tu sửa lại và người dân cũng bắt đầu đến đây xây nhà làm ruộng và sinh sống. Vị trí nơi ngôi chùa xây dựng chính là đầu rồng.
Chùa Thiên Ấn và mộ cụ Huỳnh đã được Bộ Văn hóa Thông tin cấp bằng công nhận Di tích lịch sử – văn hóa quốc gia vào ngày 2/3/1990.