Chùa Thắng Nghiêm, tên dân gian là Khúc Thủy, nằm trong quần thể di tích Thánh địa Khúc Thủy, thuộc xã Cự Khê, huyện Thanh Oai, cách trung tâm Hà Nội 15 km về phía nam. Ngoài Thắng Nghiêm, Thánh địa Khúc Thủy còn có nhiều di tích lịch sử, tâm linh như đình Khúc Thủy, chùa Linh Quang, chùa Dâu… là nơi nhiều danh tăng, danh tướng thời Lý, Trần sinh sống và tu hành như Khuông Việt Đại Sư, Vạn Hạnh Quốc Sư, Hưng Đạo Đại Vương Trần Quốc Tuấn.
Chùa Thắng Nghiêm nằm trong quần thể di tích Thánh địa Khúc Thủy. Ngoài Thắng Nghiêm, địa phương này còn có nhiều di tích lịch sử, tâm linh như đình Khúc Thủy, chùa Linh Quang, chùa Dâu…- là nơi nhiều danh tướng thời Lý, Trần sinh sống và tu hành. Theo sử sách, chùa Khúc Thủy được khởi dựng từ năm 1010, nghĩa là đến nay, ngôi chùa đã hơn 1.000 tuổi.
Theo lịch sử, chùa được xây dựng vào thời vua Lý Công Uẩn. Sách Đại Việt sử ký toàn thư có đoạn: “Năm 1010 mùa thu tháng 7, vua Lý Thái Tổ từ thành Hoa Lư, dời đô ra kinh phủ ở thành Đại La… Trong thành làm chùa ngự Hưng Thiên và tinh lâu Ngũ Phượng, ngoài thành về phía Nam dựng chùa Thắng Nghiêm”.
Tương truyền, sau khi dời đô, vua Lý Thái Tổ khởi giá vãn cảnh trên sông Nhuệ Giang và thấy một ngôi cổ tự ẩn hiện. Sau khi lễ Phật, vua thấy cảnh trí trang nghiêm, thế đất rồng bay phượng múa, liền đặt tên là Trang Khúc Thủy (thuộc huyện Thanh Oai, phủ Ứng Thiên, Chấn Nam Thượng), lập Mộc Ấp Thang, để sau này thường xuyên lui tới lễ Phật, ngắm cảnh. Tên gọi Thắng Nghiêm bắt nguồn từ đó.
Còn theo dân gian, chùa có từ những năm 187 – 266, do hai nhà truyền giáo từ Ấn Độ là Tôn Giả Kim Quốc và Tôn Giả Kim Trang dựng lên để truyền bá Phật pháp. Trải qua các thời kỳ lịch sử, chùa còn có nhiều tên khác như chùa Vua, chùa Pháp Vương, chùa Bà Chúa Hến (thời Đinh); Trì Long, Trì Bồng (thời Trần); Liên Trì (thời Lê). Mỗi vị vua đều đặt Mỹ hiệu và lập chùa làm Thang Mộc Ấp.
Trong suốt hai cuộc kháng chiến chống ngoại xâm, toàn bộ tài sản và công trình của chùa đều được đưa vào phục vụ công cuộc cứu nước. Do ảnh hưởng của bom đạn, hầu hết kiến trúc, di vật, tài liệu đã bị tàn phá hoặc thất lạc.