Lịch sử hình thành thì ngôi chùa ra đời khá muộn. Năm 1953, sư cụ Ngô Chân Tử, người làng Cao Mại, huyện Kiến Xương, tỉnh thái Bình đã đến “trấn tích khai môn” , xây dựng chùa và trụ trì tại đó. Lúc đầu, chùa được gọi là Tam Giáo Đường, thờ 3 tôn giáo là Phật giáo, Nho giáo và Lão giáo. Tuy chùa mới được khai lập chưa đầy 60 năm, nhưng đã mang cốt cách của một chốn đại gia lam thanh u, thâm trầm, cổ kính với phong cách kiến trúc mang đậm phong cách truyền thống của một cổ tự.
Sau một năm xây dựng, đến năm 1954, Hòa thượng Thích Thanh Quang, thuộc Thiền phái Lâm Tế, từ chùa Vọng Cung tỉnh Nam Định về trụ trì. Hòa thượng Thích Thanh Quang đã chỉnh sửa Tam Giáo đường thành ngôi chùa thờ Phật, đổi tên là chùa Phổ Chiếu. Trải qua thăng trầm thời gian cũng như thiên tai, chiến tranh, ngôi chùa cũ đã bị xuống cấp, nhiều hạng mục bị hư hỏng. Vào năm 1985, chùa Phổ Chiếu đã trải qua một đợt trùng tu lớn. Đặc biệt từ khi Thượng tọa Thích Thanh Giác về trụ trì đã mở mang xây dựng thêm để ngôi chùa có diện mạo khang trang, bề thế như ngày nay.
Chùa được xây dựng trên khu đất rộng quay hướng Đông, bố trí theo lối kiến trúc kiểu chữ “công” (I) gồm 5 gian tiền đường, 3 gian ống muống và 3 gian hậu cung. Hiện nay, ngoài kiến trúc hình chữ công (I) của ngôi chùa chính, chùa còn xây thêm tả vu và hữu vu.Điểm nhấn của ngôi chùa là trong chùa có xây dựng một ngôi chùa nhỏ giữa hồ nước, mô phỏng theo kiểu kiến trúc chùa Một Cột ở Hà Nội. Bốn góc hồ đắp nổi hình 4 con rồng đang trườn từ dưới mặt nước vươn lên và hướng về ngôi chùa nhỏ đó, làm khung cảnh của ngôi chùa vừa mang dáng vẻ thâm nghiêm lại vừa mang dáng vẻ hiện đại. Hàng năm vào những ngày lễ Phật Đản (rằm tháng 4), Thượng nguyên (Rằm tháng giêng), Vu lan (rằm tháng 7)… và các ngày rằm mùng một hàng tháng, chùa Phổ Chiếu thu hút rất đông tín đồ và nhân dân đến cầu phúc.
Nơi đây, Thượng tọa Thích Thanh Giác đã tổ chức các khóa tu niệm Phật định kỳ hàng tháng, giảng dạy cho các đạo tràng giáo lí nhà Phật, hoằng pháp tới hàng ngàn phật tử. Đây cũng là nơi tổ chức nhiều hoạt động từ thiện, tạo ruộng phúc cho hàng ngàn tín đồ, các nhà doanh nghiệp, các đàn na tín thí công đức có tâm có của gieo dụyên lành, cứu khổ, cứu nạn.
Đến thăm chùa Phổ Chiếu, du khách không quên quá bộ ra vườn tháp để thắp hương tưởng nhớ các vị sư tiền bối đã trụ trì ở đây. Vườn tháp nằm ở bên phải chùa, là nơi đặt xá lị của các nhà sư tiền bối. Phía bên trái của chùa có ngọn tháp Cửu phẩm Liên Hoa cao 9 tầng, trên đỉnh tháp là một bầu rượu tượng trưng cho bầu nước Cam Lộ của Phật Bà Quan âm đặt trên đài sen. Trên bờ nóc của gian tiền đường có đặt một nậm rượu to, hai bên đầu hồi phía trước đắp đấu vuông, trên mỗi đấu vuông đó là 5 bầu rượu nhỏ thể hiện sự “đồng nguyên” của 3 tôn giáo Phật – Lão – Nho.
Cũng như nhiều ngôi chùa trên đất nước ta, trong hai cuộc chiến tranh giữ nước của dân tộc, chùa Phổ Chiếu là địa chỉ đỏ của cách mạng, góp phần nuôi giấu cán bộ kháng chiến.